CB650R i CBR650R są również pierwszymi motocyklami dostępnymi z innowacyjną technologią Honda E-Clutch, pierwszym na świecie w pełni automatycznym sprzęgłem dla motocykli z przekładniami manualnymi, zaprojektowanym, by jazda motocyklem, tak dla początkującego kierowcy, jak i dla eksperta, była jeszcze przyjemniejsza i bardziej ekscytująca.
Honda E-Clutch eliminuje potrzebę używania dźwigni sprzęgła do zmiany biegów w górę i w dół. Kierowca po prostu obsługuje pedał zmiany biegów, by uzyskać ultraszybkie, spójne zmiany przełożeń, dokładnie tak, jakby używał quickshiftera. Podczas zmiany biegów w nowym rozwiązaniu wykorzystano skoordynowane połączenie działania półsprzęgła, odcięcia wtrysku paliwa i kontroli zapłonu, aby wyeliminować szarpnięcia podczas zmiany biegów, zapewniając w ten sposób wyjątkowo płynną jazdę.
Dźwignia sprzęgła nie jest również potrzebna podczas ruszania lub zatrzymywania się. System Honda E-Clutch, aktywując się natychmiast po włączeniu silnika, płynnie zarządza obydwoma scenariuszami działania, więc jeśli kierowca sobie tego życzy, może normalnie obsługiwać dźwignię sprzęgła. Jeśli kierowca chce wyłączyć system na czas jazdy, jest to również możliwe za pośrednictwem zestawu wskaźników.